2008年三聚氰胺事件爆发，多名婴幼儿被查出患有肾结石甚至死亡。而后的专项检查中，有关部门检测出超标的生产厂家涵盖了众多知名品牌，因此国内乳制品行业受到巨大冲击，而此次事件也直接导致2009年初三鹿集团宣布破产。

与此同时，一些原奶生产企业“因祸得福”。据招股书显示，西部牧业对外销售的生鲜乳均未被检测出三聚氰胺，这也给公司对外扩张与市场整合提供了机遇。

从业绩来看，西部牧业的净利虽然在上市前急剧增长，也未能避免利润率持续下滑的情况。2007至2009年，公司的净利分别为978.50万元、2351.54万和3044.28万。而其净利润率从140.32%降至29.46%。

期间，西部牧业在2008 年末至2009 年曾投资200 万元，通过对挤奶设备升级改造、同时加大对挤奶人员培训等种种举措提高生鲜乳质量，旨在使其单价高于市场价格。

或许是自家奶牛不够用，西部牧业还通过从奶牛养殖户采购生鲜乳以增加销量。数据显示，公司2008年在外购生鲜乳上的销售收入高达1.8亿元，大增700%。而同期公司在自产生鲜乳上销售收入上的增长仅有80%。

2009年10月，生鲜乳销售价格已超过历史新高。自那时起，乳粉行业转而重视奶源，不少乳企都开始盲目扩张旗下牧场规模。上市后，西部牧业便扩张自产生鲜乳的奶牛养殖规模，使公司的奶牛存栏达到5319头，略高于上市时期预期存栏量5000头。

彼时，西部牧业还历经了暴雪、动物疾病如口蹄疫等自然灾害，这或也对西部牧业在上游畜牧业的发展造成影响。西部牧业净利润增长逐渐进入瓶颈。

2011年，西部牧业奶制品主业扩张加速，奶牛养殖数量增加;同时，公司出资8400万元收购新疆石河子花园乳业有限公司60%的股权，正式进入下游加工领域。西部牧业董事长徐义民当时表示，这将是西部牧业新征程的开始，也是公司的第二次创业。

本欲借子公司在下游产业一展拳脚，西部牧业的净利在2011年达到3826.11万元的历史高峰后，净利便持续下滑甚至亏损。

作为一家上游乳企，此前西部牧业一直以奶牛养殖、原奶购销等传统畜牧业务为主，但从2014年下半年开始，国内的生鲜乳价格持续下降，国内奶牛养殖业面临巨大压力，进一步促使西部牧业下定决心要打造全产业链。

2015年6月，西部牧业于收购了石河子伊利乳业有限责任公司100%股权，并更名为新疆西牧乳业有限责任公司。西部牧业在2017年半年报表示，公司下属全资子公司西牧乳业已面向市场全面推出多款常温、低温液态奶新品;西牧乳业以及公司旗下另一子公司花园乳业亦获得了婴幼儿配方乳粉生产销售经营许可。